Бухгалтерский учет при реализации услуг на экспорт под 0% ндс в валюте

[v.p.]

Здравствуйте!
Компания осуществляет экспедиторские услуги за границей с ндс 0% в валюте. Работает по следующей схеме:
- получают крупный аванс в валюте от клиента
- делают несколько реализаций под 0% ндс в счет этого аванса и оформляют СФ (не всегда в течение 5 дней после получения аванса, как требуется). соответственно в этот момент в БУ и в регистры уходит сумма по курсу аванса.
- в конце квартала оформляют документ Подтверждение нулевой ставки НДС. по регистрам проходит сумма реализаций по курсу реализации
Жалуются на то, что на 90 счету суммы БУ и НУ получаются разные, говорят, их налоговая за это наглела один раз.
Как это все правильно должно происходить? Я сама не бухгалтер, не понимаю даже куда смотреть, уже весь мозг сломала.

[v.p.]

Проблема оказалась немного в другом. Данные в Книге продаж не совпадает с БУ. Проверила, данные по НДС 18% совпадают со счетом 90.03, НДС 0% вообще в книгу продаж не попадает. А данные по стоимости продаж должны с чем-то совпадать? Куда смотреть хотя бы?