НДС для филиала вместе с головной организацией

[пупуськина]

Здравствуйте. Нужен совет, как сформировать декларацию по НДС, если у организации есть филиал? На просторах интернета что нужно сделать проводки с 79 на 68 счета, а вот как быть с книгами продаж и покупок филиала? их необходимо переносить и как-то совмещать с книгами головной организации? Если нужно совмещать, то как это сделать?
базы разные, с выгрузкой из базы филиала вопрос решается, но не факт, что она будет. У нас стоит бухгалтерия 3.0