Входящий НДС распределяется не весь

[sunn)]

Комплексная автоматизация, редакция 1.1 (1.1.51.2)
Организация ведет учет в Комплексной автоматизации 8, ОСН+ЕНВД, бухгалтер говорит- программа правильно рассчитывает НДС к возмещению, на распределяет не весь ндс.
У меня два вопроса как проверить действительно ли не полностью распределяется ндс и что с этим делать, может в программе есть какая то настройка?