Отчет формируется только когда нет ни кого в базе. В чем может быть загвостка.

[prog1c7.7]

С начала года и 2.7 гб? а что там? все регистры, и движения стандартные?
Почему много так? Действительно очень много.

[sanchous]

Это база магазина и движения только по регистру остатков. Активно проводится 1 документ, еще около 5 доков по 10-20 штук в день.

[prog1c7.7]

я понимаю конечно, что стандартный отчет и все такое.
Но... попробуй протестировать: напиши небольшой отчет (Запрос по регистру остатков ТМЦ)
с движениями и запусти, не пробовал?